AS Emajõe Veevärgi juhtimine ja otsuste vastuvõtmine toimub kolme organi kaudu:

Aktsionäride üldkoosolek
Aktsiaseltsi aktsionäride ring moodustub 12 omavalitsusest. Aktsionäride üldkoosolek on AS Emajõe Veevärgi kõrgeim juhtimisorgan. Aktsionäride korraline koosolek toimub üks kord aastas.

AS Emajõe Veevärk aktsionärid:
Elva vald
Jõgeva vald
Kambja vald
Kastre vald
Luunja vald
Mustvee vald
Nõo vald
Peipsiääre vald
Põltsamaa vald
Räpina vald
Tartu linn
Tartu vald

Nõukogu
Nõukogu planeerib AS Emajõe Veevärgi tegevust, korraldab ettevõtte juhtimist, teostab järelvalvet juhatuse tegevuse üle ning võtab vastu otsuseid ettevõtte jaoks olulistes ning strateegiliselt tähtsates küsimustes. Nõukogu kooseisu kuuluvad Puhja, Nõo, Tartu, Palmuse, Tähtvere valla, Elva linna esindajad, kellede vahel on ära jaotatud aktsionäride esindusalus. Esindusalus lepitakse kokku aktsionäride endi poolt. Seitsmenda liikmena Emajõe Veevärgi nõukogus on riigipoolne esindaja Keskkonnaministeeriumist. Nõukogu koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele. Soovi korral on nõukogu koosolekud avatud kõikidele aktsionäridest kohaliku omavalitsuste volitatud esindajatele.

Nõukogu esimees on Sven Tarto. Nõukogu liikmed on Vahur Jaakma, Tõnu Muru, Anneli Susi Persidski, Jüri Reinpõld, Rene Reisner, Toivo Talangu.

Juhatus
Juhatus on Emajõe Veevärgi juhtimisorgan, mille ülesandeks on igapäevase majandustegevuse ja raamatupidamise korraldamine ning juhtimisotsuste ja esinduse teostamine. Seejuures jälgides aktsionäride lepingut ning aktsionäride üldkoosoleku ja nõukogu seaduslikke otsuseid ja korraldusi.

Ettevõttel on üks juhatuse liige – Andres Aruhein.