AS Emajõe Veevärgi juhtimine ja otsuste vastuvõtmine toimub kolme organi kaudu:
Aktsionäride üldkoosolek
Aktsiaseltsi aktsionäride ring moodustub 13 omavalitsusest. Aktsionäride üldkoosolek on AS Emajõe Veevärgi kõrgeim juhtimisorgan. Aktsionäride korraline koosolek toimub üks kord aastas.
AS Emajõe Veevärk aktsionärid:
Alutaguse vald
Elva vald
Jõgeva vald
Kambja vald
Kastre vald
Luunja vald
Mustvee vald
Nõo vald
Peipsiääre vald
Setomaa vald
Räpina vald
Tartu vald
Vinni vald
Nõukogu
Nõukogu kavandab AS Emajõe Veevärk tegevust, korraldab ettevõtte juhtimist ning teostab järelevalvet juhatuse tegevuse üle, otsustades aktsionäride lepingus, põhikirjas ja seaduses sätestatud pädevuse piires ettevõtte tegevuse seisukohalt olulisi küsimusi.
Nõukogu liikmed ja nende poolt esindatavad vallad ja riik:
Eerik Lumiste – Jõgeva vald, Mustvee vald, Vinni vald
Jaanus Lauri – Elva vald
Kadi Kukk – Luunja vald, Peipsiääre vald, Tartu vald
Katrina Lang – Kliimaministeerium
Marko Err – Elva vald, Räpina vald, Setomaa vald
Reili Tooming-Vallimäe – Jõgeva vald, Mustvee vald, Vinni vald
Sven Tarto – Kambja vald, Kastre vald, Nõo vald
Nõukogu esimees on Sven Tarto. Nõukogu liikmete vahel on ära jaotatud aktsionäride esindusalus. Esindusalus lepitakse kokku aktsionäride endi poolt. Ühe liikme määrab AS Emajõe Veevärk nõukokku riik. Nõukogu koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele. Soovi korral on nõukogu koosolekud avatud kõikidele aktsionäridest kohaliku omavalitsuste volitatud esindajatele.
Juhatus
Juhatus on Emajõe Veevärgi juhtimisorgan, mille ülesandeks on igapäevase majandustegevuse ja raamatupidamise korraldamine ning juhtimisotsuste ja esinduse teostamine. Seejuures jälgides aktsionäride lepingut ning aktsionäride üldkoosoleku ja nõukogu seaduslikke otsuseid ja korraldusi.
Ettevõttel on üks juhatuse liige – Andres Aruhein.