AS Emajõe Veevärk loodi Keskkonnaministeeriumi initsiatiivil kasumit taotleva vee-ettevõttena, et esmalt tagada Euroopa Liidu (EL) poolt rahastatavas Emajõe-Võhandu valgala ühtekuuluvusfondi veemajandusprojektis  (numbriga 2004/EE/16/C/PE/007) osalevatele omavalitsustele maksimaalne toetus EL Ühtekuuluvusfondi poolt, eesmärgiga pakkuda oma teeninduspiirkonnas nõuetekohast, jätkusuutlikku veeteenust.

02. juulil 2004 allkirjastasid 22 omavalitsust (Alatskivi vald, Avinurme vald, Elva linn, Haaslava vald, Kallaste linn, Kambja vald, Konguta vald, Laeva vald, Luunja vald, Meeksi vald, Mäksa vald, Nõo vald, Palamuse vald, Puurmani vald, Puhja vald, Rannu vald, Rõngu vald, Tabivere vald, Tartu vald, Tähtvere vald, Vara vald ja Ülenurme vald) AS Emajõe Veevärk aktsionäride lepingu.

03. märtsil 2017 võttis AS Emajõe Veevärk aktsionäride koosolek aktsionäriks 4 uut omavalitsust (Kasepää vald, Palupera vald, Saare vald, Võnnu vald) ja ettevõttel on 26 omavalitsusest aktsionäri.

15. oktoobril 2017 toimusid kohalike omavalitsuste valimised ja haldusreformi tulemusel on ASil Emajõe Veevärk 12 ühinenud omavalitsusest aktsionäri (Elva vald, Jõgeva vald, Kambja vald, Kastre vald, Luunja vald, Mustvee vald, Nõo vald, Peipsiääre vald, Põltsamaa vald, Räpina vald, Tartu linn, Tartu vald).