AS Emajõe Veevärk loodi Keskkonnaministeeriumi initsiatiivil kasumit taotleva vee-ettevõttena, et esmalt tagada Euroopa Liidu (EL) poolt rahastatavas Emajõe-Võhandu valgala ühtekuuluvusfondi veemajandusprojektis (numbriga 2004/EE/16/C/PE/007) osalevatele omavalitsustele maksimaalne toetus EL Ühtekuuluvusfondi poolt, eesmärgiga pakkuda oma teeninduspiirkonnas nõuetekohast, jätkusuutlikku veeteenust.
02. juulil 2004 allkirjastasid 22 omavalitsust (Alatskivi vald, Avinurme vald, Elva linn, Haaslava vald, Kallaste linn, Kambja vald, Konguta vald, Laeva vald, Luunja vald, Meeksi vald, Mäksa vald, Nõo vald, Palamuse vald, Puurmani vald, Puhja vald, Rannu vald, Rõngu vald, Tabivere vald, Tartu vald, Tähtvere vald, Vara vald ja Ülenurme vald) AS Emajõe Veevärk aktsionäride lepingu.
03. märtsil 2017 võttis AS Emajõe Veevärk aktsionäride koosolek aktsionäriks 4 uut omavalitsust (Kasepää vald, Palupera vald, Saare vald, Võnnu vald) ja ettevõttel on 26 omavalitsusest aktsionäri.
15. oktoobril 2017 toimusid kohalike omavalitsuste valimised ja haldusreformi tulemusel on AS-il Emajõe Veevärk 12 ühinenud omavalitsusest aktsionäri (Elva vald, Jõgeva vald, Kambja vald, Kastre vald, Luunja vald, Mustvee vald, Nõo vald, Peipsiääre vald, Põltsamaa vald, Räpina vald, Tartu linn, Tartu vald).
29.aprillil 2019 kiitsid aktsionärid heaks Tartu linna soovi astuda välja AS Emajõe Veevärk aktsionäride ringist ning Vinni valla soovi saada AS Emajõe Veevärk aktsionäriks. Peale vastavaid toiminguid on AS-il Emajõe Veevärk 12 ühinenud omavalitsusest aktsionäri (Elva vald, Jõgeva vald, Kambja vald, Kastre vald, Luunja vald, Mustvee vald, Nõo vald, Peipsiääre vald, Põltsamaa vald, Räpina vald, Tartu vald, Vinni vald).
Aastal 2020 otsustas Põltsamaa Vallavolikogu teostada tagasiomandamisõigust Puurmani alevikus paikneva veemajandustaristu suhtes. AS Emajõe Veevärk aktsionärid otsustasid 12.11.2020 koosolekul taristu üle anda ning selle tulemusel vähenes ettevõtte omanike ring 11-le (Elva vald, Jõgeva vald, Kambja vald, Kastre vald, Luunja vald, Mustvee vald, Nõo vald, Peipsiääre vald, Räpina vald, Tartu vald, Vinni vald).