AS Emajõe Veevärgi juhtimine ja otsuste vastuvõtmine toimub kolme organi kaudu:
Aktsionäride üldkoosolek
Aktsiaseltsi aktsionäride ring moodustub 11 omavalitsusest. Aktsionäride üldkoosolek on AS Emajõe Veevärgi kõrgeim juhtimisorgan. Aktsionäride korraline koosolek toimub üks kord aastas.
AS Emajõe Veevärk aktsionärid:
Elva vald
Jõgeva vald
Kambja vald
Kastre vald
Luunja vald
Mustvee vald
Nõo vald
Peipsiääre vald
Setomaa vald
Räpina vald
Tartu vald
Vinni vald
Nõukogu
Nõukogu planeerib AS Emajõe Veevärgi tegevust, korraldab ettevõtte juhtimist, teostab järelvalvet juhatuse tegevuse üle ning võtab vastu otsuseid ettevõtte jaoks olulistes ning strateegiliselt tähtsates küsimustes.
Nõukogu liikmed ja nende poolt esindatavad vallad:
Aarne Laos – Jõgeva vald, Mustvee vald, Vinni vald
Aivar Lainjärv – Jõgeva vald, Mustvee vald, Vinni vald
Hegri Narusk- Elva vald, Räpina vald, Setomaa vald
Kadi Kukk – Luunja vald, Peipsiääre vald, Tartu vald
Kristjan Vilu – Elva vald, Räpina vald, Setomaa vald
Sven Tarto – Kambja vald, Kastre vald, Nõo vald
Nõukogu esimees on Kristjan Vilu. Nõukogu liikmete vahel on ära jaotatud aktsionäride esindusalus. Esindusalus lepitakse kokku aktsionäride endi poolt. Ühe liikme võib AS Emajõe Veevärk nõukokku määrata riik – hetkel ei ole riik pidanud vajalikuks oma esindajat määrata. Nõukogu koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele. Soovi korral on nõukogu koosolekud avatud kõikidele aktsionäridest kohaliku omavalitsuste volitatud esindajatele.
Juhatus
Juhatus on Emajõe Veevärgi juhtimisorgan, mille ülesandeks on igapäevase majandustegevuse ja raamatupidamise korraldamine ning juhtimisotsuste ja esinduse teostamine. Seejuures jälgides aktsionäride lepingut ning aktsionäride üldkoosoleku ja nõukogu seaduslikke otsuseid ja korraldusi.
Ettevõttel on üks juhatuse liige – Andres Aruhein.